中心機關屬市政府直屬事業單位，參照公務員法管理，正局級建制。主要職責是負責對政府各部門行政審批和服務事項集中辦理的組織協調、監督管理和指導服務，對進駐窗口工作人員進行管理培訓和日常考核。中心機關編制32人，其中參公編制22名、事業編制10名、局級領導4名。內設秘書處、綜合協調處、督查處、信息處，下設市重點項目審批代辦服務中心；按照《黨章》規定，設立了機關黨委，市紀委（監察局）派駐了電子監察室。

    進駐部門窗口由各進駐部門選派首席代表和工作人員組成，負責為企業和群眾辦理納入市政務服務中心的行政審批和服務事項。目前，共進駐單位31個，其中市政府組成部門15個、直屬行政機構6個、垂直管理機構4個、其它單位6個；進駐人員207人，其中首席代表31名、處級干部55名；進駐事項200個，其中行政許可事項134個、非行政許可審批事項27個、公共服務事項39個，主要涉及建設項目審批類、企業設立登記類、便民服務類等方面。